La sortie du programme sélection d'amorces est une liste d'amorces au format fasta:
> 11660 11684 start primer
GCGTATGCGTGATTGGTTAGAAGGA
> 12001 12025 end primer
GGCTCTGGACTAAGAAATGCTGGTA
> 12002 12026 end primer
TGGCTCTGGACTAAGAAATGCTGGT
> 12097 12121 start primer
CGCATCCAGCGAGTGTTGATTCTAT
> 12316 12340 start primer
TGCCATCCATTACACATGACCGTCA
> 12317 12341 start primer
GCCATCCATTACACATGACCGTCAA
> 13584 13608 start primer
GCAGGATCAGCAGGTAGAGATACAA
> 13850 13874 end primer
CGCTTGGAAATCCGTACAGTTTGAG
> 13896 13920 start primer
AAGCGTGACAAAGCAGCTAAACCAG
> 13897 13921 start primer
AGCGTGACAAAGCAGCTAAACCAGA
> 13898 13922 start primer
GCGTGACAAAGCAGCTAAACCAGAA
> 13939 13963 end primer
CGTCCAACTGCTAAACCACTACCAT
> 14708 14732 start primer
GTGGCAAAGGAGGTAATTGAGATGG
> 14752 14776 end primer
TGGGATACACTCTTGTACGCCTTGT
> 14753 14777 end primer
TTGGGATACACTCTTGTACGCCTTG
> 14754 14778 start primer
AAGGCGTACAAGAGTGTATCCCAAC
> 14755 14779 start primer
AGGCGTACAAGAGTGTATCCCAACA
> 14756 14780 start primer
GGCGTACAAGAGTGTATCCCAACAT
> 15194 15218 end primer
ACCCTAGCGTTTGCGGATTTGAGAT
> 15195 15219 end primer
AACCCTAGCGTTTGCGGATTTGAGA
Le résultat de la fragmentation est un tableau de segments:
Solution optimale
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| FRAGMENT | DEBUT | FIN | LONGUEUR | CHEVAUCHEMENT |
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| 0 | 1264 | 11314 | 10051 | 0 |
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| 1 | 10044 | 20182 | 10139 | 1271 |
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| 2 | 19261 | 29346 | 10086 | 922 |
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Résumé :
Le maximum de l'erreur est 88
Le maximum du chevauchement est 1271
Longueur de la zone de début non-couverte : 1265
Longueur de la zone de fin non-couverte : 4225
Liste des Amplicons
Amorce début | Amorce fin | Longueur
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TTTCGAGTGATCGACCACCAAAGGA | GAGCCTTGTTGTGGGATTATCGGTA | 10051
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GCACCTAAACGATCAACTGCTTCAC | CGCCACCAAGTGCTTCCATTGTTAA | 10139
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CCGATGGAGAAACGTACTCGTGTAA | GCACCATCTGTGGGCTTAATGTCAT | 10086
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Temps de calcul: 0.02 s