Primer Selection
Le programme prend en entrée un génome complet au format fasta.
Puis il considère toutes les sous-chaînes de longueur "taille amorces" (valeur par défaut = 25) comme amorces potentielles et applique un serie des filtres. Les amorces qui passent avec succès tous les filtres sont présentes dans le fichier résultat - au format fasta - ainsi que leurs caractéristiques.
Filtre GC
Sélectionne les amorces avec exactement nbGC (valeur par défaut = 12), nucléotides G ou C.
Filtre de répétitions
Écarte les amorces avec nbRepeat (valeur par défaut = 4) nucléotides identiques successifs.
Filtre tige-boucle
Écarte les amorces contenant des "épingles à cheveux" avec les caractéristiques suivantes :
- la longueur du duplex supérieure ou égale à maxHpStem (valeur par défaut = 3)
- une boucle supérieure ou égale à maxHpLoop (valeur par défaut = 4)
Filtre de stabilité
Vérifie les extrémités 5' et 3' (4 nucléotides) et sélectionne les amorces satisfaisantes:
- extrémité 5': dG plus petit que deltaG5 cal/mol (valeur par défaut = -8500)
- extrémité 3': dG entre deltaG3min (valeur par défaut = -10000) et deltaG3max cal/mol (valeur par défaut = -4000)
Nearest-Neighbor Sequence Depedence
| 1er nt / 2ème nt |
dA |
dC |
dG |
dT |
| dA |
-1940 |
-1340 |
-1600 |
-1470 |
| dC |
-1950 |
-3070 |
-3600 |
-1600 |
| dG |
-1570 |
-3140 |
-3070 |
-1340 |
| dT |
-960 |
-1570 |
-1950 |
-1940 |
Filtre d'auto-complementarité
Élimine :
- Les amorces ayant un nombre de matches, avec leur brin inverse, supérieur ou égal à maxAutoMatch (valeur par défaut = 17)
- Les amorces s'étant appariées avec des mots plus grand que 3 avec leur brin inverse et un dG plus petit que deltaGAuto cal/mol (valeur par défaut = -7000)
- À l'extrémité 3', les amorces s'étant appariées avec des mots plus grand que 2 avec leur brin inverse et un dG plus petit que deltaGAuto3 cal/mol (valeur par défaut = -5000)
Filtre de similarité
Élimine les amorces ayant un site de fixation secondaire potentiel dans leur voisinage. La longueur de la zone d'exploration est égale à sizeScan (valeur par défaut = 20000) en amont et en aval du site amorce. Un site secondaire existe si le nombre d'appariments entre l'amorce et ce site est supérieur ou égal à maxSimMatch appariments (valeur par défaut = 17), avec un maximum de maxSimGap gaps (valeur par défaut = 0).