| Banque de données | Description |
|---|---|
| Uniprot | Elle résulte de la fusion entre les bases de données Swiss-Prot, et TrEMBL. Ce consortium permet d'avoir accès depuis Internet à toutes les informations disponibles sur l'ensemble des protéines actuellement connues. |
| Banque de données | Description |
|---|---|
| PROSITE | Prosite est une base de motifs de centaines de familles connues de protéiques et de domaines constituée manuellement. Elle regroupe des matrices consensus ou des motifs au format PROSITE. |
| InterPro | InterPro développée par l'EBI (Intégrated Resource of Protein families domains and sites) est une banque de domaines protéiques et de sites fonctionnels, développés dans le but de compiler les informations provenant d'autres banques de motifs. |
| BLOCKS | fragments (blocs) d'alignements multiples sur des régions hautement conservées (sans gap) dans des familles de protéines. Les familles de protéines proviennent de banques spécialisées et les blocs sont constitués automatiquement par le programme Motif (BlockMaker). Cette base regroupe donc des alignements multiples sans gap. |
| PFAM | base d'alignement multiple et de modèles de Markov de domaines de protéines ou de régions conservées, constituée semi-automatiquement. |
| PRODOM | c'est un serveur centré autour d'une banque de domaines de protéines homologues, constituée automatiquement (utilisation récursive de Psi-Blast). Elle regroupe des alignements multiples, des consensus, des arbres, et d'autres nombreuses visualisations... |
| PRINTS | est une banque d'empreintes de protéines. Une empreinte est un groupe de motifs non cheuvanchants conservés dans une famille de protéines. Les empreintes sont mieux adaptées que les motifs pour spécifier des repliements protéiques. PRINTS est basée sur l'interrogation de SWISSPROT et TrEMBL. |
| Banques | Organismes | Description |
|---|---|---|
| TRANSFAC 6.0 (V. Matys et al., 2003) |
Humain,levure | Est une base de données de régulation de transcription d'eucaryotes, comprenant des données sur les facteurs de transcription, leurs gènes cibles, et leurs sites de fixations de régulation. Des domaines structurels ont été ajoutés pour les facteurs de transcritpion de souris et d'humains en utilisant CYTOMER une base de données de structure anatomique et étape de développement. MATCH est un outil intégré qui permet de rechercher des matrices (motifs) de sites de fixation de facteur de transcription. Ajout d'un module pour la levure. C'est une banque de données payante (en accès sur la plateforme Genouest). |
| JASPAR | Humain | C'est une collection de TFBS sous la forme de matrices ou profiles. Ils peuvent être convertis en PWMs ou PSSMs, pour être utilisées pour scanner des séquences génomiques. C'est une banque de données open-source. |
| PLACE | Plantes | PLACE est une banque de données de motifs rencontrés dans des séquences de régions cis-régulatrices. Elle contient également une courte description de chaque motif et la référence bibliographique PubMed. |
| TRED | Humain, souris, rat | Cette banque de données d'éléments de régulation a été réalisée automatiquement à partir de pipeline pour extraire les promoteurs connus de Genbank, EPD et DBTSS et utilise le programme de recherche de promoteurs FirstEF combiné aux informations sur les mRNA/EST et la comparaison inter-espèces. |
| RegTransBase | Bactéries | Banque de données réalisée manuellement d'intéractions régulatrices chez les procaryotes. Elle récupère les informations de la littérature scientifique. Cette base de données décrit un grand nombre d'intéractions de régulation dans plusieurs organismes et contient différentes informations expérimentales. |
| ABS (Enrique Blancote et al. ,2006) |
Humain, rat, poulet | Banque de données de sites de fixation de facteurs de transcriptions annotés expérimentalement de promoteurs orthologues de gènes de vertébrés. |
| Banques | Organismes | Description |
|---|---|---|
| DBD | Tous | DBD est une banque de données de facteurs de transcription prédits dans des génomes, basée sur les domaines de la banque de données SUPERFAMILLY 1.69 et des librairies de modèles de Markov caché de la banque de données Pfam. |
| TRED | Humain, souris, rat | Cette banque de données d'éléments de régulation a été réalisée automatiquement à partir de pipeline pour extraire les promoteurs connus de Genbank, EPD et DBTSS et utilise le programme de recherche de promoteurs FirstEF combiné aux informations sur les mRNA/EST et la comparaison inter-espèces. |
| CTFbase | Cyanobactéries | Cette banque de données est une collection de facteurs de transcription associé aux informations concernant les génomes de cyanobactéries. |
| FlyTF | Drosophile | Cette banque de données contient 1052 facteurs de transcription putatifs basés sur les ontology et la banque de données DBD. |
| DBSD (2001, Cold Spring Harbor Laboratory) |
Drosophile | Banque de données de facteurs de trancription de Drosophile. |
| DPTF (Qi-Hui Zhu et al., 2007) |
Populus trichocarpa | Cette banque de données réunit des facteurs de transcription connus ou prédits de Populus trichocarpa. Elle contient 2,576 facteurs de transcription putatifs répertoriés en 64 familles. |
| PlnTFDB | Arabidopsis thaliana, Chlamydomonas Reinhardtii, Oryza sativa, Ostreococcus tori, Populus trichocarpa |
banque de données intégrative de facteurs de transcription de plantes (5 génomes) |
| AtProb | Arabidopsis thaliana | |
| SCPD | Levure | |
| Yeastract | Levure | Yeastract (Yeast Search for Transcriptional Regulators And Consensus Tracking) contient plus de 27800 associations de régulation entre facteurs de transcription et gènes chez Saccharomyces cerevisiae, basées sur plus de 900 références bibliographiques. 281 TFBS sont décrits pour plus d'une centaine de facteurs de transcription. Les informations sur les gènes sont extraites de la banque de données Saccharomyces Genome Database (SGD) 1.1345. |
| Banques | Organismes | Description |
|---|---|---|
| Compel | Eucaryotes |