| Nom de l'outil | Format du motif | type de motif | séquence cible | Description |
|---|---|---|---|---|
| PatternMatching | Expressions régulières PROSITE |
protéique et nucléique | séquences personnelles nucléiques ou protéiques au format FASTA | Il peut rechercher plusieurs motifs. Cet outil a été interfacé sur la plateforme Genouest. |
| WAPAM | Expressions régulières PROSITE (automate pondéré) |
protéique et nucléique | banque de données publique ou génome ou séquences personnelles protéiques ou nucléiques au format FASTA | Le motif est écrit au format PROSITE par l'utilisateur puis transformé en automate pondéré par WAPAM. Cet automate peut être modifié par l'utilisateur pour attribuer plus ou moins de poids à une transition (c'est à dire favoriser une base à une position plutôt qu'une autre ou tolérer plus ou moins d'erreurs dans le motif). Un manuel utilisateur est en ligne. Les résultats sont disponibles sous différents formats : HTML, CVS, XML et FASTA. Cet outil a été développé par l'équipe de recherche Symbiose (IRISA/INRIA, Rennes) et interfacé par la plateforme Genouest. |
| RAMdbP 1995 |
Expressions régulières | protéique | une ou plusieurs banques de données protéiques au choix. | La recherche de motifs peut se faire dans les banques protéiques : SwissProt, PiR-Nbrf, TrEMBL ou Nrl3D. |
| Fuzznuc (EMBOSS) | Expressions régulières PROSITE |
nucléique | séquences personnelles | Formats des séquences : EMBL, FASTA, GCG, GDE, GENBANK, IG, NBRF, PIR, RAW and SWISSPROT. Une documentation est en ligne. |
| ScanACE 1999 |
profile | nucléique | séquence nucléique | ScanACE (Scans for Nucleic Acid Conserved Elements) est un programme qui scanne une séquence nucléique pour rechercher les éléments qui matchent avec un motif nucléique. Il utilise l'approche de matrice pondérée dont les poids sont assignés par la méthode de Berg et von Hippel.ScanACE est également capable de retourner des informations sur l'environnement génomique de chaque site trouvé. Il n'y a pas d'interface Web, mais il est téléchargeable. Documentation du programme |
| Matrix-Scan (RSA Tools) | profile | nucléique | séquence nucléique | C'est un programme qui scanne une séquence nucléique pour rechercher les éléments qui matchent avec un motif nucléique. Un manuel utilisateur est en ligne. |
| Patser (RSA Tools) | profile | protéique ou nucléique | séquences protéiques ou nucléiques | Cet outil scanne les séquences avec une ou plusieurs position-specific scoring matrices (PSSM) pour identifier les instances des motifs correspondants. Un tutoriel est en ligne. |
| PatMatch | expressions régulières | nucléique ou protéique | séquences de levure | Ce programme permet de rechercher des courtes séquences (<20 bases) nucléique ou protéique, ou des motifs ambigüs ou dégénérés. Il utilise le même jeu de données que les programmes BLAST et FASTA de SGD. Il va rechercher des hits qui ne se superposent pas. |
| RAMdbN 1995 |
Expressions régulières | protéique et nucléique | le génome de Saccharomyces cerevisiae | Il effectue une recherche sur l'un ou l'autre brin ou les deux. |
| scanProsite | PROSITE ou identifiant PROSITE | protéique | PDB ou SwissProt ou TrEMBL ou séquences personnelles | Descriptif de cet outil |
| 3of5 2006 |
expressions régulières | protéique ou nucléique | séquences protéiques ou nucléiques | Il peut décrire des motifs très ambigüs de type nofm ex :(3of5)(KR) signifie que l'on veut au moins 3 K et/ou R sur 5 positions. La synthaxe des expressions régulières est bien décrite sur l'interface de l'outil ainsi qu'une documentation sur son utilisation. |
| PROMI 2005 |
expressions régulières PROSITE |
protéique | séquences personnelles ou de nombreux génomes au choix de bactéries, insectes ou plantes | PROMI (PROfile analysis by Mutual Information) permet de choisir d'afficher les motifs cheuvauchants ou non. Une aide est disponible en ligne |
| MOTIF | PROSITE ou HMM | protéique | banques de données protéiques publiques au choix (SwissProt, PDBSTR, GENE, PIR, PRF, NR-AA) | |
| STAN | expressions régulières basées sur les SVG | protéique ou nucléique | génomes entiers ou dans une grande séquence nucléique personnelle (limitée à 1Mb) | La synthaxe du motif est basée sur les SVG ou String Variable Grammar. Celle-ci est détaillée sur l'interface de l'outil. C'est un langage plus expressif que le PROSITE pour décrire les palindromes et les répétitions. La recherche est très rapide car le génome ou la séquence est indexée en arbre des suffixes (manuel en ligne). Les résultats sont disponibles sous différents formats : HTML, CVS, XML et FASTA. Cet outil a été développé par l'équipe de recherche Symbiose (IRISA/INRIA, Rennes) et interfacé sur la plateforme Genouest. |
| Genebee service 1992 |
PROSITE/alignements | protéique | banques protéiques SwissProt ou PDB | Une aide est en ligne |
| Profit (EMBOSS) | profile réalisé par Prophecy (EMBOSS) | protéique ou nucléique | un jeu de séquences ou une banque | Descriptif |
| MAST 1998 |
profile | nucléique | banques de données spécialisées ou dans une séquence personnelle nucléique au format FASTA (1,000,000 caractères maximum) | Documentation |
| Motifscanner 2005 |
profile | nucléique | séquences personnelles nucléiques au format FASTA | C'est un programme qui peut être utilisé pour scanner des séquences nucléiques avec des modèles de motifs précompilés (pour de nombreux organismes). L'algorithme est basé sur un modèle de probabilité. |
| CREAD 2005 |
profile (Transfac) | nucléique | séquences personnelles nucléiques au format FASTA | Les séquences personnelles nucléique au format FASTA sont indexées en arbre des suffixes. Cet outil n'est pas interfaçée. |
| FastFind | consensus | nucléique | banques de données de cDNA | Liste un jeu d'EST et cDNA qui contiennent le motif. |